Robert Downey Jr., qui est présentement en vedette dans Sherlock Holmes, ne jouera finalement pas dans Cowboys vs. Aliens, que réalisera Jon Favreau cet été en vue d'une sortie à l'été 2011. Downey Jr. pourrait avoir à se consacrer à une suite à Sherlock Holmes, lui qui vient de terminer le tournage d'Iron Man 2. C'est la deuxième collaboration entre Downey Jr. et Favreau après Iron Man. Entertainement Weekly a confirmé que la raison de cette défection était la décision de Warner Bros. d'enclencher rapidement le tournage de Sherlock Holmes 2.
Comme Cowboys vs. Aliens est conçu comme une franchise potentielle pour Dreamworks, Downey Jr. serait impliqué dans trois franchises importantes simultanément, ce qui est trop exigeant. Il devait incarner le cowboy Zeke Jackson, qui mène la révolte contre les extra-terrestres. On a également pu le voir ces dernières années dans Zodiac, The Soloist et Tropic Thunder.
Cowboys vs. Aliens, adapté de la bande-dessinée du même nom, se déroule en Arizona au XIXe siècle, alors que les immigrants américains se battent contre les Indiens. Mais cette guerre est interrompue par l'arrivée d'extra-terrestres qui souhaitent les soumettre à l'esclavage.
Le scénario a été rédigé par Alex Kurtzman et Roberto Orci, qui sont également producteurs exécutifs du long métrage. Damon Lindelof, l'un des producteurs de la série Lost, a également travaillé à l'écriture.
Dreamworks se consacrera à trouver un acteur pour le remplacer. La production ne devrait cependant pas être retardée.