Bien connu pour avoir interprété le journaliste engagé Mikael Blomkvist de la trilogie de films Millénium, adaptée de la série de romans policiers éponymes écrits par Stieg Larsson, Nyqvist a commencé sa carrière à l'âge de 22 ans dans une série télévisée intitulée Kamraterna.
Il incarnera plus d'une quarantaine de rôles avant d'obtenir le rôle de Blomkvist à l'écran en 2009. Il conservera ce rôle également pour la série télévisée de 2010 comportant 6 épisodes de 90 minutes, créée par Niels Arden Oplev et Daniel Alfred et qui retrace les événements des trois longs métrages, toujours aux côtés de Noomi Rapace dans le rôle de l'étrange Lisbeth Salander
L'acteur suédois a continué à briller dans plusieurs autres rôles au grand écran, qu'on pense à Kurt Hendricks dans Mission: Impossible: Ghost Protocol aux côtés de Tom Cruise, l'infâme Viggo Tarasov dans le film d'action John Wick, le chancelier Axel Oxenstiern dans le film finlandais The Girl King ainsi qu’Alan dans Frank & Lola, sorti en 2016.
On pourra également le voir une dernière fois à l'écran dans le rôle de l’évêque Joseph Fliessen dans le long métrage Radegund du réalisateur Terrence Malick.
Il laisse dans le deuil son épouse Catharina Nyqvist Ehrnrooth ainsi que sa fille Ellen, âgée de 26 ans, et son fils Arthur, âgé de seulement 21 ans.
Une pensée accompagne la famille et les amis, forcés de dire adieu beaucoup trop tôt.